Kế toán doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện những công việc gì?

Kế toán doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện nhiều công việc ngay từ khi công ty bắt đầu hoạt động như thiết lập hồ sơ kế toán, đăng ký hóa đơn điện tử, quản lý chứng từ, kê khai thuế và lập sổ sách. Thuế Nguyên Anh tổng hợp những công việc kế toán công ty mới cần đặc biệt lưu ý trong năm 2026.

Vì sao doanh nghiệp mới thành lập cần tổ chức kế toán ngay từ đầu?

Sau khi nhận Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, nhiều chủ doanh nghiệp thường tập trung vào bán hàng, tuyển nhân sự, tìm kiếm khách hàng mà chưa chú trọng đúng mức đến kế toán. Thậm chí có doanh nghiệp cho rằng chưa phát sinh doanh thu thì chưa cần làm kế toán.

Đây là cách hiểu chưa đầy đủ. Ngay từ khi bắt đầu hoạt động, doanh nghiệp đã có thể phát sinh hàng loạt nghiệp vụ như góp vốn, thuê văn phòng, mua thiết bị, thanh toán chi phí, ký hợp đồng, tuyển nhân viên, nhận hóa đơn đầu vào hoặc phát hành hóa đơn đầu ra.

Nếu những nghiệp vụ kế toán doanh nghiệp mới thành lập không được tổ chức và ghi nhận ngay từ đầu, sau vài tháng doanh nghiệp có thể rơi vào tình trạng thiếu chứng từ, khó đối chiếu dòng tiền hoặc phải mất nhiều thời gian để dựng lại sổ sách.

Đặc biệt, từ năm tài chính 2026, chế độ kế toán doanh nghiệp theo Thông tư 99/2025/TT-BTC có hiệu lực. Thông tư quy định về chứng từ kế toán, tài khoản kế toán, ghi sổ kế toán, lập và trình bày báo cáo tài chính.

Vì vậy, kế toán doanh nghiệp mới thành lập nên được tổ chức ngay từ đầu thay vì chờ doanh nghiệp có doanh thu lớn mới bắt đầu hoàn thiện.

Các đầu việc kế toán doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện

Kiểm tra và chuẩn hóa thông tin pháp lý của doanh nghiệp

Công việc đầu tiên của kế toán  là kiểm tra các thông tin pháp lý làm cơ sở cho quá trình hạch toán, lập chứng từ và thực hiện nghĩa vụ thuế.

Kế toán cần kiểm tra những thông tin nào?

Một số thông tin cơ bản gồm:

• Tên đầy đủ của doanh nghiệp.
• Mã số doanh nghiệp/mã số thuế.
• Địa chỉ trụ sở.
• Người đại diện theo pháp luật.
• Ngành nghề kinh doanh.
• Vốn điều lệ.
• Ngày thành lập.
• Thông tin đơn vị phụ thuộc nếu có.
• Cơ quan thuế quản lý.

Các thông tin này cần được sử dụng thống nhất trên hợp đồng, hóa đơn, hồ sơ kế toán và các giao dịch liên quan.

Việc kiểm tra ngay từ đầu tưởng đơn giản nhưng có thể hạn chế tình trạng thông tin trên hợp đồng, hóa đơn và hồ sơ kế toán không thống nhất với nhau.

Thiết lập hệ thống kế toán cho công ty mới

Sau khi kiểm tra thông tin pháp lý, kế toán công ty mới cần xây dựng hệ thống kế toán phù hợp với quy mô và hoạt động thực tế.

Từ 01/01/2026, Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp có hiệu lực và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày này.

Doanh nghiệp cần thiết lập những gì?

Tùy đặc thù hoạt động, doanh nghiệp cần tổ chức:

• Hệ thống chứng từ kế toán.
• Hệ thống tài khoản kế toán.
• Sổ kế toán chi tiết.
• Sổ kế toán tổng hợp.
• Theo dõi tiền mặt và tiền gửi ngân hàng.
• Theo dõi khách hàng, nhà cung cấp.
• Theo dõi công nợ.
• Theo dõi hàng tồn kho nếu có.
• Theo dõi tài sản, công cụ dụng cụ.
• Hệ thống lưu trữ hồ sơ.

Doanh nghiệp cũng cần lựa chọn phần mềm kế toán phù hợp.

Tuy nhiên, phần mềm chỉ là công cụ. Điều quan trọng hơn là phải xây dựng được quy trình ghi nhận và kiểm soát dữ liệu ngay từ đầu.

Ví dụ, doanh nghiệp cần quy định rõ ai tiếp nhận hóa đơn, ai kiểm tra chứng từ, thời điểm chuyển chứng từ cho kế toán và cách lưu trữ hồ sơ.

Nếu những nguyên tắc này không được thiết lập sớm, sổ sách rất dễ rơi vào tình trạng thiếu chứng từ hoặc số liệu không đồng nhất.

Mở và quản lý tài khoản ngân hàng doanh nghiệp

Một trong những việc kế toán doanh nghiệp mới thành lập nên thực hiện sớm là mở tài khoản ngân hàng phục vụ hoạt động của công ty.

Tài khoản này giúp doanh nghiệp thực hiện các giao dịch như:

• Thanh toán cho nhà cung cấp.
• Nhận tiền từ khách hàng.
• Nộp thuế điện tử.
• Thanh toán tiền lương.
• Theo dõi dòng tiền.

Đối với kế toán, việc tách biệt dòng tiền của doanh nghiệp với dòng tiền cá nhân của chủ doanh nghiệp đặc biệt quan trọng.

Nếu các khoản thu – chi của công ty thường xuyên được thực hiện thông qua tài khoản cá nhân, việc đối chiếu số liệu và xác định bản chất giao dịch có thể trở nên phức tạp.

Do đó, ngay từ đầu, kế toán doanh nghiệp mới thành lập nên thiết lập nguyên tắc quản lý dòng tiền rõ ràng và hạn chế việc sử dụng lẫn lộn tài khoản cá nhân với hoạt động của doanh nghiệp.

Đăng ký và quản lý chữ ký số

Chữ ký số là công cụ quan trọng để doanh nghiệp thực hiện nhiều giao dịch điện tử.

Doanh nghiệp thường sử dụng chữ ký số để thực hiện các công việc như kê khai thuế, nộp thuế điện tử và thực hiện các thủ tục điện tử khác thuộc phạm vi áp dụng.

Đối với kế toán công ty mới, cần quản lý chặt chẽ:

• Thông tin chữ ký số.
• Thời hạn sử dụng.
• Người được quyền sử dụng.
• Tài khoản đăng nhập các hệ thống liên quan.
• Quy trình ký và nộp hồ sơ.

Không nên để nhiều người tự do sử dụng chữ ký số bởi đây là công cụ gắn với các giao dịch điện tử của doanh nghiệp.

Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Nếu doanh nghiệp có hoạt động bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ thuộc trường hợp phải lập hóa đơn, việc chuẩn bị hệ thống hóa đơn điện tử là một đầu việc quan trọng.

Các hướng dẫn cập nhật năm 2026 đối với doanh nghiệp mới thành lập cũng đặt đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử trong nhóm nghĩa vụ cần lưu ý từ giai đoạn đầu hoạt động.

Kế toán cần chuẩn bị gì trước khi xuất hóa đơn?

Doanh nghiệp cần kiểm soát:

• Thông tin người bán.
• Thông tin người mua theo quy định.
• Tên hàng hóa, dịch vụ.
• Số lượng, đơn giá.
• Thuế suất.
• Thời điểm lập hóa đơn.
• Hình thức hóa đơn phù hợp với hoạt động của doanh nghiệp.

Một sai lầm thường gặp của doanh nghiệp mới là chỉ quan tâm đến việc có phần mềm hóa đơn nhưng chưa xây dựng quy trình xuất hóa đơn.

Kế toán cần phối hợp với bộ phận bán hàng để đảm bảo thời điểm và nội dung hóa đơn phù hợp với giao dịch thực tế.

Xác định nghĩa vụ kê khai thuế của doanh nghiệp

Đây là một trong những công việc quan trọng nhất của kế toán doanh nghiệp mới thành lập.

Tùy theo hoạt động thực tế, doanh nghiệp có thể cần theo dõi các nghĩa vụ liên quan đến:

Thuế giá trị gia tăng

Doanh nghiệp cần xác định phương pháp tính thuế, kỳ khai và tổ chức chứng từ đầu vào – đầu ra phù hợp.

Theo hướng dẫn cập nhật năm 2026, doanh nghiệp mới thành lập trong năm đầu có thể lựa chọn khai thuế GTGT theo quý và áp dụng ổn định trong năm dương lịch đầu tiên; từ các giai đoạn tiếp theo cần xác định kỳ khai dựa trên điều kiện theo quy định.

Thuế thu nhập cá nhân

Nếu doanh nghiệp có trả thu nhập cho người lao động hoặc cá nhân, kế toán cần theo dõi nghĩa vụ liên quan đến thuế thu nhập cá nhân theo tình hình phát sinh thực tế.

Thuế thu nhập doanh nghiệp

Kế toán doanh nghiệp mới thành lập cũng cần theo dõi doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế và các nghĩa vụ liên quan đến thuế thu nhập doanh nghiệp.

Một điểm mới đặc biệt đáng chú ý là Nghị quyết 198/2025/QH15 quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 3 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Chính sách này đã được triển khai trong năm 2026. Doanh nghiệp cần kiểm tra mình có thuộc đối tượng và đáp ứng điều kiện áp dụng hay không, thay vì mặc định mọi doanh nghiệp mới đều được hưởng.

Từ năm 2026 không còn lệ phí môn bài

Đây là điểm kế toán công ty mới đặc biệt cần lưu ý, bởi rất nhiều checklist cũ trên Internet vẫn hướng dẫn doanh nghiệp mới thành lập khai hoặc nộp lệ phí môn bài.

Theo khoản 7 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15, việc thu, nộp lệ phí môn bài chấm dứt từ ngày 01/01/2026.

Điều này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp thành lập trong năm 2026 cần sử dụng checklist cập nhật thay vì máy móc áp dụng những hướng dẫn dành cho các năm trước.

Đây cũng là ví dụ cho thấy công tác kế toán – thuế cần được cập nhật thường xuyên. Một quy trình đúng ở năm trước chưa chắc vẫn còn phù hợp ở năm sau.

Xây dựng quy trình quản lý hóa đơn, chứng từ ngay từ đầu

Một trong những nguyên nhân khiến doanh nghiệp phải rà soát sổ sách kế toán sau một thời gian hoạt động là chứng từ không được quản lý ngay từ đầu.

Doanh nghiệp nên thiết lập quy trình để kế toán doanh nghiệp mới thành lập chủ động trong công việc :

Phát sinh giao dịch → nhận chứng từ → kiểm tra → phê duyệt → thanh toán → chuyển kế toán → hạch toán → lưu trữ.

Những nhóm chứng từ cần quản lý

Tùy hoạt động, hồ sơ có thể gồm:

• Hợp đồng.
• Hóa đơn.
• Phiếu thu, phiếu chi.
• Chứng từ ngân hàng.
• Hồ sơ mua bán hàng hóa.
• Biên bản giao nhận.
• Hồ sơ tiền lương.
• Hồ sơ tài sản.
• Hồ sơ công nợ.
• Các chứng từ liên quan khác.

Điểm quan trọng là chứng từ kế toán phải phản ánh đúng giao dịch thực tế.

Doanh nghiệp không nên đợi đến cuối quý hoặc cuối năm mới tập hợp hồ sơ, bởi khi đó nhiều chứng từ có thể thất lạc và người phụ trách cũng khó nhớ chính xác bản chất của từng giao dịch.

 Theo dõi công nợ, dòng tiền và hàng tồn kho

Kế toán không chỉ phục vụ kê khai thuế.

Một hệ thống kế toán doanh nghiệp mới thành lập được tổ chức tốt còn phải giúp chủ doanh nghiệp trả lời những câu hỏi rất thực tế:

Khách hàng đang nợ doanh nghiệp bao nhiêu?

Doanh nghiệp đang nợ nhà cung cấp bao nhiêu?

Tiền hiện đang nằm ở đâu?

Hàng tồn kho còn bao nhiêu?

Doanh nghiệp đang lãi hay lỗ?

Vì vậy, ngay từ những tháng đầu hoạt động, doanh nghiệp nên theo dõi công nợ phải thu, công nợ phải trả, tiền mặt, tiền gửi ngân hàng và hàng tồn kho nếu có.

Đây là những dữ liệu quan trọng không chỉ đối với kế toán mà còn phục vụ trực tiếp cho quản trị doanh nghiệp.

Theo dõi lao động, tiền lương và nghĩa vụ liên quan

Khi bắt đầu tuyển dụng nhân sự, kế toán cần phối hợp với bộ phận phụ trách nhân sự để quản lý hồ sơ liên quan đến người lao động.

Các thông tin cần được theo dõi có thể bao gồm:

• Hợp đồng lao động.
• Bảng chấm công.
• Bảng lương.
• Các khoản phụ cấp.
• Thuế thu nhập cá nhân.
• Các nghĩa vụ bảo hiểm thuộc trường hợp áp dụng.
• Hồ sơ thanh toán tiền lương.

Việc thiết lập hồ sơ tiền lương ngay từ đầu giúp kế toán doanh nghiệp mới thành lập tránh tình trạng cuối năm mới tập hợp lại dữ liệu.

Đặc biệt, kế toán cần đảm bảo số liệu giữa bảng lương, chứng từ thanh toán, hạch toán và các hồ sơ liên quan có sự thống nhất.

Lập lịch kế toán và thuế định kỳ

Một sai lầm khá phổ biến của kế toán công ty mới là xử lý công việc khi gần đến hạn.

Thay vào đó, doanh nghiệp nên xây dựng lịch công việc ngay từ đầu.

Việc xây dựng lịch giúp kế toán chuyển từ trạng thái “đến hạn mới làm” sang trạng thái chủ động kiểm soát.

Doanh nghiệp mới nên tuyển kế toán hay thuê dịch vụ kế toán?

Đây là câu hỏi nhiều chủ doanh nghiệp đặt ra ngay sau khi thành lập công ty.

Nếu doanh nghiệp có quy mô lớn, số lượng nghiệp vụ nhiều và cần kế toán xử lý công việc liên tục tại văn phòng, xây dựng bộ phận kế toán nội bộ có thể là lựa chọn phù hợp.

Ngược lại, với doanh nghiệp mới thành lập, số lượng chứng từ chưa lớn hoặc chưa cần một phòng kế toán hoàn chỉnh, dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp mới thành lập có thể giúp tối ưu chi phí nhân sự và tiếp cận đội ngũ chuyên môn ngay từ giai đoạn đầu.

Điều quan trọng không phải là “tự làm hay thuê ngoài” mà là:

Ai sẽ chịu trách nhiệm kiểm soát hệ thống kế toán của doanh nghiệp ngay từ ngày đầu tiên?

Bởi chi phí để xây dựng đúng từ đầu thường dễ kiểm soát hơn nhiều so với việc phải rà soát và xử lý lại toàn bộ sổ sách sau một thời gian dài hoạt động.

Thuế Nguyên Anh đồng hành cùng doanh nghiệp mới thành lập

Đối với doanh nghiệp mới, giai đoạn đầu chính là thời điểm phù hợp để xây dựng nền tảng kế toán – thuế bài bản.

Thuế Nguyên Anh hỗ trợ doanh nghiệp khảo sát tình trạng thực tế và xây dựng phương án kế toán doanh nghiệp mới thành lập phù hợp với quy mô, lĩnh vực hoạt động và số lượng nghiệp vụ phát sinh.

Các nhóm công việc có thể bao gồm:

• Tư vấn tổ chức hệ thống kế toán.
• Tiếp nhận và kiểm tra chứng từ.
• Hạch toán nghiệp vụ.
• Kê khai thuế theo phạm vi dịch vụ.
• Lập báo cáo tài chính.
• Theo dõi và rà soát sổ sách.
• Tư vấn các vấn đề kế toán – thuế phát sinh.
• Hỗ trợ hoàn thiện hồ sơ theo nhu cầu thực tế.

Thay vì đợi đến khi sổ sách phát sinh vấn đề mới xử lý, doanh nghiệp nên xây dựng quy trình tra soát sổ sách ngay từ thời điểm bắt đầu hoạt động.

Thuế Nguyên Anh – Làm đúng ngay từ đầu, hạn chế rủi ro về sau.

Kết luận

Kế toán doanh nghiệp mới thành lập không chỉ là kê khai thuế mà cần xây dựng đồng bộ từ chứng từ, hóa đơn, sổ sách, ngân hàng, công nợ đến báo cáo tài chính. Tổ chức đúng ngay từ đầu giúp kế toán công ty mới hạn chế sai sót, tiết kiệm thời gian xử lý về sau và cung cấp dữ liệu tốt hơn cho chủ doanh nghiệp quản trị hoạt động kinh doanh.

Nếu doanh nghiệp của bạn vừa thành lập và chưa biết nên bắt đầu hệ thống kế toán từ đâu, hãy liên hệ Thuế Nguyên Anh để được tư vấn phương án phù hợp với tình hình thực tế.

Liên hệ Thuế Nguyên Anh để được tư vấn dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp mới thành lập.

CÔNG TY TNHH TƯ VẤN THUẾ NGUYÊN ANH

Địa chỉ: Tòa A1, đường Nguyễn Cơ Thạch, Hà Nội
Hotline: 0888 89 65 69
Email: thuenguyenanh.nac@gmail.com