Ngay sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, chủ doanh nghiệp phải đối mặt với hàng loạt nghĩa vụ pháp lý, trong đó thuế doanh nghiệp mới thành lập là vấn đề khiến nhiều người bối rối nhất. Không nắm rõ các loại thuế phải nộp, thời hạn kê khai hay chính sách ưu đãi hiện hành có thể khiến doanh nghiệp bị xử phạt ngay trong những tháng đầu hoạt động. Bài viết dưới đây sẽ hệ thống hóa toàn bộ nghĩa vụ thuế mà một doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện, cập nhật theo quy định mới nhất.
Thuế doanh nghiệp mới thành lập gồm những loại nào?
Sau khi có mã số thuế doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp cần xác định rõ mình thuộc diện nộp những loại thuế doanh nghiệp mới thành lập nào tùy theo ngành nghề, quy mô doanh thu và loại hình kinh doanh. Về cơ bản, các loại thuế doanh nghiệp mới thành lập phổ biến bao gồm:
Thuế giá trị gia tăng (GTGT)
Đây là loại thuế gián thu áp dụng cho hầu hết doanh nghiệp có phát sinh hoạt động mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Doanh nghiệp mới thành lập cần lựa chọn một trong hai phương pháp kê khai thuế GTGT: phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp, tùy vào điều kiện về vốn, hóa đơn chứng từ và ngành nghề kinh doanh. Đáng lưu ý, nhiều nhóm hàng hóa, dịch vụ đang áp dụng mức thuế suất 10% được giảm còn 8% theo chính sách hỗ trợ hiện hành. Doanh nghiệp mới nên rà soát xem ngành nghề của mình có thuộc diện được giảm hay không để kê khai đúng.
Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)
Đây là 1 hạng mục thuế doanh nghiệp mới thành lập đặc biệt lưu ý. Thuế TNDN được tính trên phần lợi nhuận sau khi trừ chi phí hợp lý. Theo quy định hiện hành, mức thuế suất phổ thông là 20%. Tuy nhiên, doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng được áp dụng mức ưu đãi 15%; doanh nghiệp có doanh thu từ trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng áp dụng mức 17%. Đây là điểm mới rất quan trọng mà các doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ mới thành lập cần nắm để tính đúng số thuế phải nộp, tránh nộp thừa hoặc nộp thiếu.

Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)
Nếu doanh nghiệp có ký hợp đồng lao động và trả lương cho người lao động, doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế TNCN cho người lao động theo biểu thuế lũy tiến từng phần (đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công) hoặc khấu trừ theo tỷ lệ quy định tùy trường hợp. Đây không phải là thuế doanh nghiệp mới thành lập tự chịu nhưng là nghĩa vụ kê khai bắt buộc phát sinh ngay khi doanh nghiệp có nhân sự.
Các loại thuế khác (nếu có phát sinh)
Tùy đặc thù ngành nghề, doanh nghiệp mới còn có thể phát sinh một số loại thuế doanh nghiệp mới thành lập: thuế xuất nhập khẩu (nếu có hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa), thuế tiêu thụ đặc biệt (kinh doanh mặt hàng chịu thuế đặc biệt), thuế tài nguyên, thuế bảo vệ môi trường… Doanh nghiệp cần rà soát ngành nghề đăng ký kinh doanh để xác định đầy đủ nghĩa vụ, tránh bỏ sót.
Lưu ý: Lệ phí môn bài đã được bãi bỏ
Trước đây, lệ phí môn bài là khoản thuế bắt buộc mà mọi doanh nghiệp mới thành lập phải kê khai và nộp trong năm đầu hoạt động. Tuy nhiên, theo các quy định mới có hiệu lực, lệ phí môn bài đã bị bãi bỏ. Vì vậy, doanh nghiệp mới thành lập không cần thực hiện thủ tục kê khai và nộp lệ phí môn bài như trước đây — đây là một thay đổi lớn giúp giảm gánh nặng thủ tục ban đầu cho doanh nghiệp. Dù vậy, chủ doanh nghiệp vẫn nên theo dõi thông báo chính thức từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để cập nhật kịp thời nếu có điều chỉnh.
Thủ tục và nghĩa vụ thuế ban đầu cần thực hiện
Bên cạnh việc xác định các loại thuế phải nộp, doanh nghiệp mới thành lập cần hoàn tất một số thủ tục hành chính thuế trong giai đoạn khởi đầu:
Đăng ký và sử dụng chữ ký số
Chữ ký số là điều kiện bắt buộc để doanh nghiệp thực hiện các giao dịch điện tử với cơ quan thuế: nộp tờ khai, nộp thuế doanh nghiệp mới thành lập, xuất hóa đơn điện tử. Doanh nghiệp cần đăng ký chữ ký số ngay sau khi có mã số thuế doanh nghiệp mới thành lập.
Mở tài khoản ngân hàng và đăng ký nộp thuế điện tử
Doanh nghiệp cần mở tài khoản ngân hàng, sau đó đăng ký nộp thuế điện tử với cơ quan thuế và ngân hàng để thuận tiện cho việc nộp các loại thuế phát sinh hằng tháng, hằng quý.
Đăng ký, phát hành hóa đơn điện tử
Đây là nghĩa vụ bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp mới thành lập. Sau khi được cấp mã số thuế và trước khi xuất hóa đơn cho khách hàng, doanh nghiệp phải hoàn tất thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo mẫu quy định. Chỉ sau khi nhận được thông báo chấp thuận từ cơ quan thuế, doanh nghiệp mới được phép lập và xuất hóa đơn điện tử theo quy định hiện hành.

Lựa chọn phương pháp kê khai thuế GTGT và phương pháp khấu hao tài sản cố định
Ngay từ đầu, doanh nghiệp cần xác định phương pháp kê khai thuế GTGT (khấu trừ hay trực tiếp) và phương pháp khấu hao tài sản cố định phù hợp với đặc thù hoạt động, vì việc thay đổi sau này thường phức tạp và có điều kiện ràng buộc.
Treo bảng hiệu và các nghĩa vụ hành chính liên quan
Doanh nghiệp cần treo bảng hiệu tại trụ sở, thông báo áp dụng chế độ kế toán, phương pháp tính thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn quy định để tránh bị coi là “doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký”.
Chính sách ưu đãi, miễn giảm thuế cho doanh nghiệp mới thành lập
Một tin vui cho các doanh nghiệp mới ra đời là Nhà nước đang triển khai nhiều chính sách ưu đãi thuế đáng kể nhằm hỗ trợ khu vực kinh tế tư nhân:
- Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.
- Doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo được miễn thuế TNDN trong 2 năm đầu và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo.
Tuy nhiên, không phải mọi doanh nghiệp mới thành lập đều mặc nhiên được hưởng ưu đãi này. Một số trường hợp bị loại trừ, chẳng hạn: doanh nghiệp mới thành lập nhưng người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người góp vốn cao nhất trước đó đã từng giữ vai trò tương tự tại một doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc mới giải thể chưa quá 12 tháng. Vì vậy, doanh nghiệp cần rà soát kỹ điều kiện áp dụng, xác định đúng là “doanh nghiệp nhỏ và vừa” theo tiêu chí về lao động, doanh thu, nguồn vốn trước khi kê khai ưu đãi, tránh trường hợp bị truy thu và xử phạt sau này.

Thời hạn kê khai, nộp thuế doanh nghiệp cần ghi nhớ
Việc nắm rõ thời hạn là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp mới thành lập tránh bị phạt chậm nộp các khoản thuế doanh nghiệp mới thành lập:
- Thuế GTGT: kê khai theo tháng hoặc theo quý (tùy quy mô doanh thu), chậm nhất là ngày 20 của tháng tiếp theo (kê khai tháng) hoặc ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo (kê khai quý).
- Thuế TNCN: kê khai và nộp cùng kỳ với thuế GTGT nếu doanh nghiệp có phát sinh khấu trừ thuế của người lao động.
- Thuế TNDN tạm tính: doanh nghiệp tự tạm tính và tạm nộp theo quý, không phải nộp tờ khai tạm tính riêng nhưng phải theo dõi số liệu để quyết toán cuối năm.
- Quyết toán thuế TNDN năm: doanh nghiệp phải nộp hồ sơ quyết toán (kèm Báo cáo tài chính năm) chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.
Doanh nghiệp mới thành lập cần lưu ý gì để tránh sai phạm về thuế?
- Thường xuyên theo dõi các văn bản pháp luật mới vì chính sách thuế thay đổi liên tục theo từng năm để hiểu rõ những khoản thuế doanh nghiệp mới thành lập theo từng năm.
- Lưu trữ đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ làm căn cứ tính chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN.
- Không chủ quan cho rằng “doanh nghiệp mới thành lập nên chưa cần kê khai thuế” — nghĩa vụ kê khai phát sinh ngay cả khi doanh nghiệp chưa có doanh thu.
- Chủ động rà soát điều kiện hưởng ưu đãi thuế TNDN để không bỏ lỡ quyền lợi, đồng thời tránh áp dụng sai dẫn đến bị truy thu, phạt chậm nộp và tính lãi chậm nộp.
- Với những nghiệp vụ thuế phức tạp (ưu đãi thuế, xác định doanh nghiệp nhỏ và vừa, phương pháp kê khai…), nên tham khảo ý kiến từ đơn vị tư vấn thuế chuyên nghiệp, với dịch vụ kế toán thuế trọn gói để đảm bảo tuân thủ đúng quy định và tối ưu chi phí thuế hợp pháp.
Kết luận
Nắm vững các nghĩa vụ về thuế doanh nghiệp mới thành lập — từ việc xác định đúng loại thuế phải nộp, hoàn tất thủ tục đăng ký ban đầu, đến việc tận dụng các chính sách miễn giảm thuế hiện hành — là bước đi quan trọng giúp doanh nghiệp khởi đầu thuận lợi, tránh rủi ro pháp lý và tối ưu chi phí ngay từ những ngày đầu hoạt động.
Đừng để những sai sót nhỏ trong kê khai thuế doanh nghiệp mới thành lập ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của bạn. Hãy liên hệ ngay Đại lý thuế Nguyên Anh để được đội ngũ chuyên gia tư vấn, hỗ trợ trọn gói thủ tục thuế ban đầu và đồng hành cùng doanh nghiệp bạn trong suốt quá trình hoạt động.
CÔNG TY TNHH TƯ VẤN THUẾ NGUYÊN ANH
Địa chỉ: Tòa A1, đường Nguyễn Cơ Thạch, Hà Nội
Hotline: 0888 89 65 69
Email: thuenguyenanh.nac@gmail.com
